Igennem implementeringen af vandplanerne skulle målet om god økologisk tilstand i alle europæiske vandforekomster opnås inden år 2015. Der er dog blevet identificeret en række problemer og barrierer for den konkrete implementering af vandplaner på det overordnede niveau, for handlingsplanerne på lokalt niveau samt for de reelle investeringer.
Det er derfor nødvendigt med en række harmoniseringer indenfor vandplanlægning i det internationale samarbejde i regionen omkring Østersøen, hvis målet om genoprettelse af miljøtilstanden i havet skal opnås.
Der er muligvis generelt i regionen en manglende forståelse af vigtigheden af at beskytte vandressourcerne, og af de praktiske tiltag, der er mulige. Derudover er de foranstaltninger, der bliver foreslået, i en række tilfælde hverken økonomisk- og miljømæssigt effektive, og de tiltag der foreslås på overordnet niveau, bliver ikke altid accepteret på lokalt niveau. Det er desuden svært at opnå finansiering af investeringerne.
Der er også mange nye udfordringer på vej. Nye EU direktiver relateret til vandplanlægning træder i kraft, hvilket betyder, at der skal handles hurtigt, således at kvaliteten og bæredygtigheden af vandressourcerne sikres på lang sigt.
